Não darei a resposta certinha pq eu não tenho rsrs
Maaas a regra vale para todo jogo:
- WYD usa um padrão X de mesh ( estrutura ), com texturas TGA/DDS ( WYT/WYS ou vice versa, não lembro ).
- O segundo jogo, neste caso o Myth, pode ter variado um pouco o arquivo, ou invertido o canal alfa da textura ( deixando tudo invisível para o cliente normal )
Você pode usar o editor hexadecimal tipo 010 e "descobrir" a estrutura do Myth, para que depois possa converter para o WYD "comum"
Pegue um item que exista nos dos jogos, compare os arquivos, se forem diferentes, é pq tudo foi ajustado para dificultar o roubo rsrs, veja se não moveu alguns bytes, se mudou levemente a posição das coisas, como bytes antes ou depois do arquivo
Se forem iguais, então significa que os novos itens tem algum padrão/flag que faz o Myth ler de outra forma. use os templates binários do 010 editor para criar a estrutura do arquivo, veja se tem algum padrão diferente, como bytes a mais ou textura com outra compressão.
Uma coisa que pode causar a transparência é o canal alfa, mas também a compressão, vai precisar verificar.
Analise os arquivos, eventualmente vai esbarrar na solução.