Hum...., não cheguei a ler as animações, mas algo me parece estranho.
A mesh estática você consegue renderizar normalmente, mas quando aplica animação, dá ruim.
Me "grita" a questão do root, quando vc lê o arquivo, onde está setando o root? ( lembrando que se vc rotaciona o objeto/bones, tem que rotacionar a posição das animações também, caso não user um objeto anterior para rotacionar )
Aplicando essa animação no blender, também gera erro?
Tentou ler as animações e converter para outro formato, que consiga representar?